โดราเอมอน โนบิตะและผองเพื่อนได้หลุดเข้าไปในเกาะลึกลับ แสนมหัศจรรย์ซึ่งเต็มไปสิงสาราสัตว์ยุคโบราณที่ใกล้สูญพันธุ์อาทิ นกอีมู, เสือเขี้ยวดาบ, นกโดโด เป็นต้น และเหตุการณ์ก็เริ่มวุ่นวายเมื่อ โนบิตะ พบกับเด็กหนุ่มชาวพื้นเมืองที่มีรูปร่างหน้าตาเหมือนโนบิตะ พวกเขาจึงพบว่าดินแดนแห่งนี้มีความลับอันน่าทึ่ง ด้วยพลังธรรมชาติซ่อนเร้นอยู่ และแน่นอนว่ามีศัตรูที่หมายปองพลังเหล่านั้นกำลังปรากฏอยู่ด้วย จนนำไปสู่การต่อสู้บทใหม่ที่พิสูจน์มิตรภาพของพวกเขา