สองปีหลังจาก คลาวด์ (ทากาฮิโร ซากุราอิ) และพรรคพวกปกป้องโลกพ้นจากหายนะ เวลานี้ประชากรกลับต้องทนทุกข์ไปกับโรคแปลกประหลาด ขณะเดียวกัน คลาวด์ ที่ปลีกตัวอยู่อย่างสันโดษ ก็ถูกหลอกหลอนด้วยอดีตที่เลวร้ายของตัวเอง เมื่อทหารนายหนึ่ง ซึ่งใครๆต่างก็คิดว่าเสียชีวิตไปแล้วในสมรภูมิรบ กลับมาสร้างความวุ่นวายให้กับมวลมนุษยชาติ เพื่อแก้แค้นการที่เขาถูกดัดแปลงทางพันธุกรรมโดยบริษัทฉ้อฉลแห่งหนึ่ง นี่คือเภาพยนตร์อะนิเมชั่นที่เป็นเรื่องราวต่อเนื่องจากวิดีโอเกม Final Fantasy โดยเริ่มเรื่องหลังเหตุการณ์ในเกม 2 ปี