ฮิโรกิ ซาวาดะ (Hiroki Sawada) เป็นเด็กอัจฉริยะวัยสิบปี แม้อายุยังน้อย แต่เขาก็เป็นนักศึกษาสถาบันเทคโนโลยีแมตซาชูเซตส์แล้ว และเนื่องจากมารดาเสียชีวิต เขาจึงมีโทมัส ชินด์เลอร์ (Thomas Schindler) ประธานบริษัทชินด์เลอร์ เป็นผู้ปกครอง แต่นายชินด์เลอร์นั้นให้เขาอาศัยอยู่บนยอดอาคารชินด์เลอร์แล้ววางเวรยามรายรอบ เพื่อให้เขาคอยสร้างซอฟต์แวร์ให้แก่บริษัทเรื่อยไป ซึ่งฮิโรกิก็ได้พัฒนาซอฟอต์แวร์ติดตามดีเอ็นเอขึ้นซอฟต์แวร์หนึ่ง ต่อมาคืนหนึ่ง ฮิโรกิสร้างสมองกลชื่อ “เรือโนอาห์” ขึ้นเป็นผลสำเร็จ แล้วส่งสมองกลนั้นไปตามสายโทรศัพท์ ก่อนจะปลิดชีวิตตนเองโดยโจนจากหน้าต่างอาคารลงสู่ท้องน้ำเบื้องล่างถึงแก่ความตาย
สองปีให้หลัง บริษัทชินด์เลอร์จัดนิทรรศการเกมเสมือนจริงชื่อ “โคคูน” (Cocoon) ที่ศาลาว่าการเมืองเบกะ กลุ่มนักสืบโมริและโคนันได้รับเชิญมาด้วย แต่ไม่อาจร่วมงานเพราะไม่มีเข็มกลัดประจำงาน ขณะนั้น ดอกเตอร์อากาสะ กับยูซากุ คุโด้ มาถึงศาลาว่าการเมือง ดอกเตอร์อากาสะจึงมอบเข็มกลัดให้แก่โคนัน ส่วนสมาชิกคนอื่น ๆ ของชมรมนักสืบเยาวชนแลกเข็มกลัดกับการ์ดหน้ากากไยบะรุ่นพิเศษ และสามารถเข้านิทรรศการกันได้ทั้งหมด
แต่ก่อนที่โคนันจะได้เข้างาน เขาพบศพทาคาอากิ คาชิมูระ เจ้าหน้าที่ระดับสูงของบริษัทชินด์เลอร์และเป็นผู้พัฒนาเกมโคคูน อยู่ในห้องแห่งหนึ่ง พร้อมข้อความก่อนตายเป็นอักษรโรมันว่า “เจ-ที-อาร์” (J-T-R) ปรากฏอยู่บนแป้นพิมพ์คอมพิวเตอร์ โคนันจึงตัดสินใจร่วมงานเพื่อหวังว่าจะพบคำตอบจากนิทรรศการเกมครั้งนี้ เวลานั้น ยูซากุทราบเรื่องแล้วก็แจ้งแก่เจ้าพนักงานตำรวจว่า “เจ-ที-อาร์” ย่อมาจาก แจ็กเดอะริปเปอร์ (Jack the Ripper)
เมื่อนิทรรศการเริ่ม ปรากฏว่า สมองกลเรือโนอาห์ของฮิโรกิเข้าควบคุมระบบเกมโคคูน แล้วแจ้งผู้ชมว่า ถ้าเด็กห้าสิบคนซึ่งเข้าร่วมงานอยู่ในบัดนี้ไม่มีใครเล่นเกมโคคูนชนะเลย เด็กเหล่านั้นจะถูกแม่เหล็กไฟฟ้าระเบิดตายทั้งสิ้น เด็กแต่ละคนมีสิทธิเลือกด่านในเกมด่านใดก็ได้ในจำนวนห้าด่าน ฝ่ายโคนันกับเพื่อนสมาชิกชมรมนักสืบเยาวชนเลือกด่านที่ห้า คือ การตามล่าแจ็กเดอะริปเปอร์ในกรุงลอนดอนคริสต์ศตวรรษที่ 19 ขณะที่รัน โมริ ก็เข้าร่วมเล่นเกมกับโคนันด้วย โคนันกับพวกจึงได้รับการนำพาไปยังบ้านเลขที่ 221 บี ถนนเบเกอร์ (221B Baker Street) และพบว่าเชอร์ล็อก โฮมส์ (Sherlock Holmes) กับนายแพทย์วอตสัน (Dr. Watson) ไม่อยู่ที่พัก เพราะไปทำคดีหมาผลาญตระกูล จึงไม่ได้รับความช่วยเหลือจากคนทั้งสองแต่ประการใด โคนันกับพวกจึงไปพบเซแบสเตียน มอรัน (Sebastian Moran) และศาสตราจารย์มอริอาร์ตี (Professor Moriarty) เพื่อแกะรอยแจ็กต่อไป ศาสตราจารย์มอริอาร์ตีแจ้งเขาเหล่านั้นว่า ตนได้พบแจ็กเดอะริปเปอร์แต่ครั้งที่แจ็กเป็นขี้ครอกข้างถนน จึงนำแจ็กมาฝึกฝน เสร็จแล้ว ศาสตราจารย์มอริอาร์ตีบอกเงื่อนงำเกี่ยวกับเหยื่อรายหน้าของแจ็กให้แก่โคนัน เหยื่อรายนั้นคือไอรีน แอดเลอร์ (Irene Adler) คนรักของโฮมส์
ในโลกจริงเวลาเดียวกัน ยูซากุสืบสวนคดีฆาตกรรมทาคาอากิ และพบว่า คนร้ายคือนายชินด์เลอร์ ประธานบริษัทชินด์เลอร์ นายชินด์เลอร์นั้นเป็นผู้สืบสันดานของแจ็กเดอะริปเปอร์และทำทุกวิถีทางเพื่อรักษาความลับนี้ เป็นต้นว่า เมื่อฮิโรกิล่วงรู้จากซอฟต์แวร์ดีเอ็นเอที่เขาสร้างขึ้นว่า นายชินด์เลอร์สืบเชื้อสายมาจากแจ็ก นายชินด์เลอร์ก็เกรงจะเป็นที่เสื่อมเสียต่อชื่อเสียงในวงการอุตสาหกรรม จึงคอยกดดันฮิโรกิเรื่อยมา จนเป็นเหตุให้ฮิโรกิต้องโจนน้ำตาย เจ้าพนักงานจึงเข้าจับกุมนายชินด์เลอร์
ส่วนในเกม เด็กตายลงทีละคน จนเหลือเพียงสาม คือ โคนัน รัน และฮิเดกิ โมโรโบชิ (Hideki Moroboshi) ทั้งสามคนติดตามแจ็กเดอะริปเปอร์ไปถึงรถไฟ พวกเขาเผชิญแจ็กบนหลังคารถไฟ แจ็กมัดตนเองเข้ากับรันและสั่งให้โคนันยอมจำนน รันจึงสละชีวิตโดยโดดจากหลังคารถไฟลงสู่เหวที่รถกำลังแล่นผ่าน แจ็กซึ่งติดอยู่กับรันจึงตกลงไปพร้อมกัน เมื่อสูญเสียรัน โคนันจึงสิ้นหวัง ทันใด เชอร์ล็อก โฮมส์ ก็ปรากฏตัวและให้คำแนะนำแก่โคนันซึ่งเป็นผลให้โคนันกับฮิเดกิรอดชีวิตจากเกมมาได้ เมื่อชนะเกมแล้ว โคนันจึงทราบว่า ที่จริงฮิเดกิคือสมองกลเรือโนอาห์ปลอมตัวมา เด็กทั้งหลายได้รับการปล่อยจากนิทรรศการ และที่สุดสมองกลเรือโนอาห์ก็ทำลายตัวเองทิ้ง