เนื้อเรื่องดำเนินไปบนโลกในอีก 408 ปีข้างหน้า ซึ่งเป็นช่วงเวลาที่โลกพึ่งได้ผ่านช่วงเวลาที่เชื้อไวรัสได้ล้างผลาญ 99% ของประชากรโลกทั้งหมดในปี 2011 ส่วนผู้ที่เหลือรอดจากเหตุการณ์ครั้งนั้นก็พากันไปอาศัยที่นครเบรกน่า ซึ่งปกครองเมืองแบบนครรัฐ นครเบรกน่านี้ถูกกันจากโลกภายนอกโดยกำแพงสูงและกระจกใสคลุมอยู่ด้านบนซึ่งบางคนเปรียบเทียบกับมันว่าเป็น “กรงทอง” ส่วนอำนาจสูงสุดของนครรัฐนี้ตกอยู่ที่ “รัฐสภาภายใต้การนำของเหล่านักวิทยาศาสตร์” ส่วนอีออน ฟลักซ์ เป็นหนึ่งในประชากรของเบรกน่าและเป็นสมาชิกของกลุ่มต่อต้านใต้ดินที่ชื่อว่า “โมนิกัน” โดยติดต่อสื่อสารระหว่างกันโดยใช้กระแสจิตจากการทานยาชนิดหนึ่ง และหัวหน้ากลุ่มมีชื่อว่า แฮนเลอร์ ภายหลังจากแผนของกลุ่มที่ทำลายสถานีควบคุมตรวจตราความปลอดภัยของเมืองเบรกน่า และเมื่ออีออนกลับมาถึงบ้านเธอได้พบว่า อูน่า ฟลักซ์ น้องสาวของเธอถูกฆ่าโดยตำรวจวึ่งคิดว่าอูน่าเป็นสมาชิกของกลุ่มโมนิกันทำให้อีออนแค้นมาก เธอจึงส่งคำขอให้เธอทำแผนปฏิบัติการฆาตกรรมหัวหน้าของรัฐบาลที่มีชื่อว่า เทรเวอร์ กู๊ดไชล์ (รับบทโดย:มาร์ตัน โครคัส) แต่เมื่อเธอเริ่มปฏิบัติการ เธอก็ได้ค้นพบกับแผนรัฐประหารลับโดยไม่เจตนา และจากการค้นพบนี้เองที่ทำให้เธอสงสัยเกี่ยวกับพันธุกรรมและโชคชะตาของทุกๆคนในเบรกน่า และความผิดปกติที่อีออนสามารถเชื่อมต่อและมีสายสัมพันธ์ปริศนากับชายผู้ที่เธอจะทำการฆาตกรรม ในท้ายที่สุดเธอก็ได้รูว่าเธอเป็นมนุษย์ที่มาจากการโคลนนิ่งโดยเธอถูกโครนนิ่งมาจากอดีตภรรยาของเทรเวอร์ ที่มีชื่อว่า แคเธอริน และเธอก็ยังพบความจริงอีกว่าเทรเวอร์กำลังพยายามที่จะรักษาเผ่าผันะมนุษย์ให้คงอยู่ต่อไปด้วยการเยียวยารักษามนุษย์จากเชื้อโรค แต่ผลกระทบข้างเคียงจากการรักษานี้ทำให้ทุกๆช่วงเวลาที่ผ่านไปมนุษย์แต่ละคนจะเริ่มเป็นหมัน ซึ่งแท้จริงแล้วเด็กทุกคนที่เกิดขึ้นในเบรกน่าล้วนเกิดมาจากการรีไซเคิลของดีเอ็นเอ โดยนำดีเอ็นเอของผู้ที่เสียชีวิตไปแล้วนำกลับมาโคลนนิ่งใหม่ และจากการตายแล้วเกิดใหม่ซ้ำแล้วซ้ำเล่าทำให้แต่ละที่เกิดมาใหม่นั้นมีควาทรงจำของคนเก่าติดกลับมาด้วยรวมถึงยังสามารถจำช่วงเวลาในอดีตได้อย่างเลือนลางเช่นเดียวกับอีออน ต่อมาหนึ่งในผู้ทดสอบการเยียวยาที่จะทำให้มนุษย์ตั้งครรภ์ได้ของเทรเวอร์ประสบผลสำเร็จ แต่ทว่าน้องชายของเทรเวอร์ โอเร็น กู๊ดไชล์ (รับบทโดย:จอห์นนี่ ลี มิลเลอร์) ได้ทำลายการวิจัยที่พยายามจะดำรงไว้ซึ่งการอยู่ในอำนาจและการดำรงเผ่าพันธ์ไปตลอดกาลของมนุษย์ อย่างไรก็ตามการเผชิญหน้าระหว่างเทรเวอร์กับอีออนทำให้โอเร็นเปิดเผยว่ามนุษยชาติตัวมันเองเหมาะที่จะมีชีวิตอยู่และบางคนสามารถมีบุตรธิดาได้ด้วยตัวเอง ท้ายสุดอีออนก็ถูกกดดันให้ต่อต้านกับสมาชิกทั้ง 2 คนของโมนิกันที่เป็นเพื่อนเธอรวมทั้งโอเร็น เธอได้ตั้งใจที่จะทำเพื่อโมนิกันโดยที่ไม่ฟังแฮนเลอร์และใช้พรรคพวกของเธอให้ฆ่าโอเร็นกับคนของเขา ในท้ายที่สุดเธอก็ได้ตัดสินใจที่จะทำลายสถานที่ที่ดีเอ็นเอสำหรับโคลนนิ่งถูกเก็บไว้ซึ่งเป็นบอลลูนยักษ์ที่สามารถบังคับทิศทางได้ลอยอยู่บนน่านฟ้าของเบรกน่า เมื่อเธอขึ้นไปยังบอลลูนยักษ์ได้เธอได้พบกับชายชราผู้หนึ่งซึ่งเป็นผู้ดูแลดีเอ็นเอทั้งหมดและเป็นอดีตนายแพทย์ที่ช่วยเก็บรักษาดีเอ็นเอของเธอไว้จากคำสั่งทำลายดีเอ็นเอทั้งหมดของเธอทิ้งเมื่อหลายร้อยปีก่อนและสั่งการโดยโอเร็น และเมื่อเธอทำลายบอลลูนลงได้แล้ว บอลลูนก็ได้ตกเข้าใส่ชนกับกำแพงจนถล่มลงมานั้นทำให้ผู้คนสามารถที่จะออกไปยังโลกภายนอกได้ในรอบหลายร้อยปี
โดยภาพยนตร์ทั้งหมดนี้ได้รวมเอาตอนต่างๆทั้งหมดของภาคการ์ตูนมารวมไว้ในฉบับเดียว ซึ่งภาคการ์ตูนก็เป็นต้นฉบับของภาพยนตร์เรื่องนี้ทั้งหมด